Se han encontrado restos de hachas y otros utensilios de piedra en lugares cercanos a Uceda (cuevas del Reguerillo y del Aire), que indican la ocupación de la zona en el Paleolítico.
Los primeros pobladores de la Villa de Uceda se podrían remontar a la Edad de Bronce. Los Celtíberos, se dice, poblaron Uceda con el nombre de Vescelia o Barnacis, citada por Ptolomeo, geógrafo romano de la época. Se hallaban divididos en tribus, que por lo que aquí respecta se llamaban Carpetanos y Vettones. (Se cree que la etimología de los Patones, localidad próxima sea una corrupción de Vatones, a su vez degeneración lingüística del término Vettones.)
En el año 1085, Toledo fue tomada por Alfonso VI y con la ciudad cayó toda su taifa, incluida Uceda, quien quedó bajo el poder directo de los Reyes de Castilla debido a su importancia estratégica, pasando a controlar el curso medio del Jarama desde su castillo.
En 1249, el rey Fernando III dona el señorío de Uceda a su hijo Don Sancho, Arzobispo de Toledo, pasando así la villa y tierras a manos de los arzobispos toledanos.
Bajo esta tutela la Villa mantuvo una próspera actividad de tipo agrícola y mercantil. A mediados del siglo XIII, Uceda ejercía su dominio en 19 aldeas (El Cubillo, Mesones, Valdenuño, Fuentelahiguera, Viñuelas, Villaseca, La Casa, Fuente el Fresno, Matarrubia, Puebla de Valles, Valdesotos, Tortuero, Valdepeñas, Alpedrete, El Berrueco, Cabanillas de la Sierra, Venturada, Redueña y Torelaguna). En este periodo se construyeron las iglesias de la villa, y el otorgamiento de fueros y el privilegio de ferias.
En el siglo XVIII llegaron, de la mano del Conde de Cabarrús, los primeros aprovechamientos hidráulicos del Jarama para el regadío de su fértil vega (Canal del Conde de Cabarrús (1790). La acequia se iniciaba más arriba de El Pontón de la Oliva y permitía el riego de las vegas de Uceda, Torremocha, Patones y Torrelaguna.
La fortaleza de Uceda fue erigida por los árabes, de la que sólo quedan algunos restos de la muralla que circundaba el recinto, y la Iglesia románica de Santa María de la Varga. El castillo, construido por los árabes y reforzado en la época de ocupación cristiana, está situado en el borde del acantilado en el que termina la meseta alcarreña y se asoma al río Jarama. Fue una plaza muy codiciada en la Edad Media y bastante estimada por los arzobispos de Toledo donde guardaban sus tesoros y rentas dineradas.
En dicha Fortaleza padecieron prisión, entre otros personajes ilustres, Francisco Jiménez de Cisneros (Cardenal Cisneros), y el duque de Alba, don Francisco Álvarez de Toledo, y su consorte (por orden del rey Felipe II).
En algunos documentos se describe el castillo de Uceda como una fortaleza que podía ocupar unos 4.000 metros cuadrados, de base pentagonal, inexpugnable por las caras del norte y oeste, al estar al borde de pronunciados terraplenes, y con un único acceso por la parte oriental que daba al arrabal, ampliamente defendido por torres y puertas similares a las presentadas en Atienza.
La Iglesia de Santa María de la Varga, de la que actualmente se conservan los restos que se emplean como cementerio municipal, fue una de las tres parroquias con que contó Uceda. De las otras dos, la Iglesia de San Juan y la Iglesia de Santiago, no se conserva actualmente ningún vestigio. Erigida con piedra caliza, su estilo es Románico, siendo su fecha construcción de finales del siglo XII, principios del XIII, bajo la tutela del Arzobispo de Toledo, Rodrigo Jiménez de Rada. Pudiera ser que esta Iglesia fuera edificada en el emplazamiento de una antigua mezquita, pues Uceda estuvo bajo el mandato musulmán.